dc.creator | Feltrin, Rayana dos Santos | |
dc.date.accessioned | 2021-08-26T17:58:39Z | |
dc.date.available | 2021-08-26T17:58:39Z | |
dc.date.issued | 2020-10-21 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/22076 | |
dc.description.abstract | Nucleotide excision repair (NER) is the most versatile DNA repair pathway as it
removes different kinds of bulky lesions. Due to its essential role for genome integrity,
it appeared early in the evolution of species. However, most published studies are
focused on humans, mice, yeast or bacteria. Considering the large amount of
information on genome databases, it is currently possible to retrieve sequences from
NER components in many organisms. Therefore, we attempted to characterize the
potential orthologs of 10 critical components of the human NER pathway in 12
eukaryotic species by using similarity and structural criteria through the use of
bioinformatical tools. This approach has allowed us to characterize gene and protein
structures comparatively, taking a glance at some evolutionary aspects of the NER
pathway. We obtained significant search results for the majority of the proteins in most
of the organisms studied, mainly for factors that play a pivotal role in the pathway.
However, we revisited significant differences and found new aspects that may imply a
distinct functioning of this pathway in different organisms. Through the demonstration
of the heterogeneity of the gene structures and a variety in the protein architecture of
the NER components evaluated, our results highlight important differences between human NER and evolutionarily distant eukaryotes. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | por |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Reparo de DNA | por |
dc.subject | Via NER | por |
dc.subject | Eucariotos | por |
dc.subject | Estrutura gênica | por |
dc.subject | Arquitetura de domínios | por |
dc.subject | DNA repair | eng |
dc.subject | NER pathway | eng |
dc.subject | Eukaryotes | eng |
dc.subject | Gene structure | eng |
dc.subject | Domain architecture | eng |
dc.title | Lacunas na evolução da via de reparo por excisão de nucleotídeos em eucariotos | por |
dc.title.alternative | Open gaps in the evolution of the eukaryotic nucleotide excision repair | eng |
dc.type | Dissertação | por |
dc.description.resumo | A via de reparo por excisão de nucleotídeos (NER) é o mais versátil mecanismo de
reparo de DNA, já que está envolvido na remoção de diferentes tipos de lesões que
causam grandes distorções na dupla-hélice. Devido à sua grande importância na
manutenção da integridade genômica, essa via apareceu cedo na evolução das
espécies. Além disso, a maioria dos estudos relacionados ao NER está focada em
humanos, camundongos, leveduras e bactérias. Considerando a grande quantidade
de dados disponíveis em bancos de dados genômicos, é possível obter sequências
de componentes do NER em diferentes organismos. Dessa forma, visamos
caracterizar potenciais ortólogos de componentes-chave da via NER em organismos
eucarióticos usando diferentes critérios estruturais e de similaridade, através do uso
de ferramentas de bioinformática. Essa metodologia nos permitiu caracterizar a
estrutura de genes e proteínas de maneira comparativa, bem como esclarecer alguns
aspectos evolutivos da via NER. Diante disso, foram obtidos resultados de busca
significativos para a maioria das proteínas em grande parte dos organismos
analisados, principalmente para aquelas que têm um papel essencial na via.
Entretanto, reanalisamos importantes diferenças e encontramos novos aspectos que
podem implicar um funcionamento distinto do NER em diferentes organismos. Através
da demonstração da heterogeneidade das estruturas gênicas e da variedade na
arquitetura das proteínas dessa via, nossos resultados revelam diferenças
importantes entre o NER humano e o de eucariotos evolutivamente distantes. | por |
dc.contributor.advisor1 | Schuch, André Passaglia | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/4932611269622766 | por |
dc.contributor.advisor-co1 | Segatto, Ana Lúcia Anversa | |
dc.contributor.referee1 | Menck, Carlos Frederico Martins | |
dc.contributor.referee2 | Loreto, Elgion Lucio da Silva | |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/6281810289889181 | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Bioquímica | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas: Bioquímica Toxicológica | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Ciências Naturais e Exatas | por |