A auditoria interna vem ganhando espaço dentro das instituições, contudo, suas atividades ainda precisam ser melhores entendidas. Com esse intuito o objetivo deste artigo é analisar a percepção dos gestores sobre a influência da auditoria interna no processo de gestão das instituições de ensino pública federal. Neste intuito, a metodologia empregada para o desenvolvimento do trabalho é qualitativa de caráter descritiva, desenvolvida com aplicação de um questionário estruturado, com perguntas fechadas, a três dirigentes das instituições selecionadas. Os resultados indicaram a importância da auditoria interna nos processos de gestão na visão dos gestores, conduzindo assim, a conclusões de que uma auditoria interna fortalecida oferece à gerencia de instituições de ensino pública um suporte para a implantação de regras e procedimentos necessários para o seu bom funcionamento e desempenho, além de exímio valor quando utilizada como ferramenta estratégica, de controle e de assessoria à alta administração.