dc.contributor.advisor | Trindade Winck, Ana | |
dc.creator | Machado, Otávio | |
dc.date.accessioned | 2022-06-21T18:51:30Z | |
dc.date.available | 2022-06-21T18:51:30Z | |
dc.date.issued | 2014-12-01 | |
dc.date.submitted | 2014 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/24962 | |
dc.description | Trabalho de conclusão de curso (graduação) - Universidade Federal de Santa
Maria, Centro de Tecnologia, Curso de Ciência da Computação, RS, 2014. | por |
dc.description.abstract | In Bioinformatics, we deal with a big amount of biology-related data, trying to obtain,
from them, valuable information. Rational Drug Design is one field of research in bioinformatics,
which is developed from the interaction between two molecules, called Receptor and
Ligand. Through molecular docking simulations, we try to find the best positioning of these
two molecules, searching for the best possible binding between them. The binding quality is
measured by the FEB - Free Energy of Binding. Through these simulations, the best ligands
to a receptor are tested in vitro and a new drug may be created. A strategy to get these results
regards considering both the receptor and the ligand as flexible structures. However, the computational
cost increases when considering such a flexibility. Hence, the 3D-Tri algorithm tries to
find promising conformations to further molecular dockings experiments from a decision-tree
strategy based on clustering analysis. The objective of this work is to treat this large amount of
data, as well as contribute to evolve the 3D-Tri algorithm, with the analysis of data clustering
algorithms to a possible time reduction in the execution of future docking experiments. | eng |
dc.language | por | por |
dc.rights | Acesso Aberto | por |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Bioinformática | por |
dc.subject | Desenho racional de fármacos | por |
dc.subject | Agrupamento de dados | por |
dc.subject | Bioinformatics | eng |
dc.subject | Rational drug design | eng |
dc.subject | Data clustering | eng |
dc.title | Um estudo comparativo de algoritmos de agrupamento de dados para dados de docagem molecular | por |
dc.title.alternative | A comparative study of data clustering algorithms with dockingdata | eng |
dc.type | Trabalho de Conclusão de Curso de Graduação | por |
dc.degree.local | Santa Maria, RS, Brasil. | por |
dc.description.resumo | Em Bioinformática, tratamos com uma grande quantidade de dados do contexto da biologia,
buscando obter, a partir deles, informações valiosas. Desenho Racional de Fármacos é
uma área da bioinformática, a qual é desenvolvido a partir da interação entre duas moléculas,
chamadas Receptor e Ligante. Através de experimentos de simulação por Docagem Molecular,
busca-se o melhor posicionamento dessas duas moléculas buscando a melhor ligação possível
entre as duas. A qualidade desta ligação é medida pelo FEB - Energia livre de ligação. Através
dessas simulações, os melhores ligantes para um determinado receptor são testados in vitro
e uma nova droga pode surgir. Uma estratégia para melhor obter esses resultados é considerar
tanto o receptor como o ligante como estruturas flexíveis. Entretanto, ao considerar essa
flexibilidade, o custo computacional para experimentos de docagem torna-se muito alto. Nesse
sentido, o algoritmo 3D-Tri busca encontrar conformações promissoras para futuros experimentos
de docagem, a partir de uma estratégia de árvore de decisão, baseada em agrupamento de
dados. O objetivo do presente trabalho é tratar esse grande volume de dados, e contribuir para a
evolução do algoritmo 3D-Tri, através da análise de algoritmos de agrupamento de dados para
uma possível redução no tempo de execução de futuros experimentos de docagem molecular. | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Tecnologia | por |