Engenharia ontológica aplicada para o projeto e especificação da ontocancro
Resumo
A análise de informações geradas por estudos no domínio bioinformática e da biologia
molecular auxilia pesquisadores a compreender processos celulares complexos e as interações
genéticas nas fases de patologias que acometem o ser humano. O grande volume
de dados gerados por essas pesquisas exige o uso de recursos que permitam a integração,
processamento e compartilhamento do conhecimento produzido. Dentre essas
ferramentas, estão as ontologias, as quais permitem anotar características fenotípicas e
genéticas por meio da definição de conceitos e relacionamentos semânticos entre eles. A
Ontocancro está inserida nesse contexto e tem como objetivo principal auxiliar nas pesquisas
da expressão gênica de redes biológicas de genes envolvidos no câncer. A ontologia
encontra-se na terceira versão e durante seu desenvolvimento passou por diversas alterações
realizadas por diferentes pesquisadores. Para a especificação de cada nova versão,
cada pesquisador selecionou uma metodologia que atendia suas necessidades naquele
momento. A não utilização de uma mesma metodologia para especificar e evoluir a ontologia
trouxe dúvidas sobre a qualidade e a completude do conhecimento formalizado, uma
vez que não existem arquivos que demonstrem o que foi construído e nem documentações
que indiquem como a estrutura foi evoluída ao longo dos anos. Dessa forma, o presente
estudo desenvolveu o projeto e especificação da Ontocancro utilizando uma metodologia
única de engenharia de ontologias, visando garantir o compartilhamento do conhecimento
e a interoperabilidade entre as versões e os recursos existentes no domínio, bem como a
compatibilidade da ontologia com o estado atual do projeto de pesquisa. A metodologia
utilizada para o desenvolvimento do projeto proposto foi a NeOn e o recurso ontológico
reutilizado para especificação dos conceitos foi a ontologia BioPax, conforme as diretrizes
de reuso. Além da documentação das etapas de especificação da Ontocancro e a inserção
do conceito de expressão gênica, mapeando o produto codificado por cada gene inserido
no estudo, foi gerado um arquivo atualizado com a implementação da ontologia em OWL.
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