Sciflow-Bridge: uma ferramenta para criação e distribuição de imagens de contêineres para workflows científicos
Abstract
Um Fluxo de Trabalho Científico define como um experimento é caracterizado, assim
determinando em qual ordem tarefas devem ser executadas e sobre quais conjunto de dados as
mesmas devem operar. Cada tarefa pode possuir diferentes dependências de ambiente, como
bibliotecas, executáveis e dados de entrada. Os contêineres caracterizam uma virtualização leve
e são capazes de encapsular várias camadas de software. Nesse contexto, o presente trabalho
propõe-se a criar uma ferramenta que seja capaz de executar esses fluxos e gerenciar as dependências
através da eficiente criação e distribuição de imagens de contêineres. Espera-se que ao
se utilizar essa ferramenta, os pesquisadores consigam executar fluxos de maneira facilitada e
consigam também usufruir dos recursos de processamento disponíveis nos laboratórios. Dois
workflows da bioinformática foram executados com a ferramenta criada, os experimentos comprovaram
que a ferramenta é capaz de executar workflows científicos, o uso da cache diminuiu
o tempo de execução dos fluxos e que diferentes estratégias para o posicionamento dos contêineres
também influenciam no tempo de execução. A utilização da ferramenta proporciona
flexibilidade, escalabilidade e reprodutibilidade aos workflows científicos.
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