Construindo árvores filogenéticas com o uso de caminhadas aleatórias e geometria fractal
Visualizar/ Abrir
Data
2008-11-28Autor
Oliveira, Luciana Renata de
Metadata
Mostrar registro completoResumo
O objetivo deste trabalho é propor um método alternativo para construir árvores filogenéticas usando a dimensão fractal calculada a partir de caminhadas (pseudo) aleatórias realizadas sobre DNA mitocondrial e RNA ribossomal de algumas espécies de seres vivos. As caminhadas são realizadas atribuindo-se coordenadas espaciais a cada uma das bases nitrogenadas do DNA ou do RNA. As figuras geradas apresentam morfologias complexas e por isso utilizamos parâmetros como a dimensão fractal para caracterizarmos as diferentes morfologias encontradas. Os valores obtidos de dimensão fractal destas caminhadas são agrupados para gerarmos árvores de distância (dendogramas) aplicando o método de agrupamento hierárquico. Usamos o software MATHEMATICA 6.0 para programar as rotinas que constroem as caminhadas aleatórias e calcula os valores de dimensão fractal e também utilizamos a rotina deste software que faz o agrupamento e gera os dendogramas. Escolhemos dez espécies eucariotas para o estudo: Anopheles gambiae (mosquito da malária), Arabidopsis thaliana (uma planta), Danio rerio (peixe zebra), Drosophila melanogaster (mosca das frutas), Homo sapiens (humano), Mus musculus (camundongo), Pan troglodytes (chimpanzé), Rattus norvegicus (rato cobaia de laboratório), Strongylocentrotus purpuratus (ouriço do mar), Xenopus laevis (uma espécie de sapo). Obtivemos que para esses organismos o nosso método consegue fazer separação entre reinos, separando a planta dos animais. Entre os animais ele separa de vertebrados e invertebrados. Entre os invertebrados faz separação entre os insetos (mosca e mosquito) e o ouriço (equinoderma). Já entre os vertebrados, separa os mamíferos do anfíbio e do peixe. Concluímos que o método gera resultados consistentes com os preditos pela filogenia tradicional.