Alvos genômicos para subtipagem de vírus da diarreia viral bovina 1 (BVDV-1) e BVDV-2
Fecha
2023-02-07Primeiro coorientador
Silva Júnior, José Valter Joaquim
Primeiro membro da banca
Monteiro, Francielle Liz
Segundo membro da banca
Silveira, Simone
Metadatos
Mostrar el registro completo del ítemResumen
A análise filogenética do genoma completo, estratégia mais adequada para a
subtipagem dos vírus da diarreia viral bovina 1 (BVDV-1) e BVDV-2, não é viável
para muitos laboratórios. Consequentemente, isolados e cepas de BVDV têm sido
frequentemente subtipados pela análise de determinadas regiões genômicas,
principalmente a região não traduzida 5' (5' untranslated region, 5'UTR). Essa
abordagem, no entanto, pode levar a classificações equivocadas e/ou com baixo
suporte estatístico. Nesse contexto, o presente estudo descreve o desenho e
utilização de novos pares de primers cujos amplicons podem ser facilmente
sequenciados e utilizados para subtipagem de BVDV-1 e BVDV-2. Inicialmente,
regiões genômicas do BVDV-1 e BVDV-2, previamente descritas na literatura como
os alvos mais adequados para subtipagem dos pestivírus bovinos, foram analisadas
para o desenho de primers de alta cobertura. Em seguida, as regiões amplificáveis
por esses primers foram analisadas in silico quanto à capacidade de reproduzir a
classificação filogenética de 118 (BVDV-1) e 88 (BVDV-2) genomas
completos/quase completos (GCQCs) disponíveis no GenBank. Essa análise
também foi realizada considerando a região amplificável pelos primers HCV90-368,
a qual tem sido comumente utilizada para a classificação/subtipagem de pestivírus
bovinos. Após comprovar a conformidade entre as análises realizadas com a região
amplificável pelos primers do presente estudo versus as análises de GCQC, seguiuse com a otimização dos ensaios de RT-PCR e com a avaliação de sua capacidade
de amplificar isolados e cepas de BVDV do Brasil, Argentina e Estados Unidos. As
regiões de BVDV-1 e BVDV-2 que permitiram o desenho de primers de alta
cobertura foram a NS3-NS4A (amplicon de 526pb) e NS5B (728pb),
respectivamente. A classificação filogenética com base nessas regiões reproduziu
integralmente a subtipagem de todos os GCQCs analisados. Por outro lado, a
subtipagem baseada na região amplificável pelos primers HCV90-368 apresentou
quatro (BVDV-1) e doze (BVDV-2) discordâncias em relação à classificação dos
GCQCs. Os primers de NS3-NS4A e NS5B também permitiram a amplificação de
todos os isolados/cepas de BVDV analisados. Por fim, considerando as análises
filogenéticas das regiões amplificáveis pelos primers descritos aqui, bem como o
desempenho dos ensaios de RT-PCR, sugere-se o seu uso em futuros estudos
filogenéticos e epidemiológicos de BVDV-1 e BVDV-2.
Colecciones
El ítem tiene asociados los siguientes ficheros de licencia: