Seleção de alvos genômicos para a filogenia de vírus da diarreia viral bovina (BVDV) e identificação de novo subtipo de BVDV-2
Fecha
2023-02-03Primeiro coorientador
Silva Jr, José Valter Joaquim
Primeiro membro da banca
Weiblen, Rudi
Segundo membro da banca
Araújo, Daniel Ardisson
Terceiro membro da banca
Monteiro, Francielle Liz
Quarto membro da banca
Streck, André
Metadatos
Mostrar el registro completo del ítemResumen
Os vírus da diarreia viral bovina 1 (Bovine viral diarrhea virus, BVDV-1) e BVDV-2,
classificados no gênero Pestivirus, família Flaviviridae, são importantes patógenos de
distribuição mundial. Os pestivírus são vírus envelopados e contêm uma molécula de RNA de
sentido positivo com aproximadamente 2.3 quilobases (kb) como genoma. Até o presente,
foram descritos 21 subtipos de BVDV-1 (a-u) e 4 de BVDV-2 (a-d). Apesar dessa
variabilidade genética, isolados e cepas de BVDV têm sido frequentemente subtipados pela
análise filogenética da sequência parcial da região não-traduzida 5' (5'UTR) e/ou de regiões
codificantes, como de Npro e E2. Essas análises, no entanto, podem gerar resultados
equivocados ou de baixo suporte estatístico, dificultando o conhecimento sobre a real
diversidade e circulação dos subtipos de BVDV. A melhor alternativa para contornar esses
obstáculos seria a subtipagem dos vírus a partir da análise do genoma completo. Essa
estratégia, no entanto, apresenta custo alto, além de ser inviável para uso em larga escala.
Assim, o primeiro estudo investigou os alvos genômicos mais adequados para a subtipagem
de BVDV-1 e BVDV-2, comparando-se a subtipagem baseada em análise de genes/regiões
individuais com aquela baseada na análise do genoma completo (GC). O estudo foi realizado
com 91 (BVDV-1) e 85 (BVDV-2) GC disponíveis no banco de dados GenBank. Os vírus
foram subtipados analisando-se seu GC, bem como as regiões codificantes dos genes
individuais e as regiões não-traduzidas (3' e 5' UTRs completas e 5' UTRs parciais). A
distância geodésica entre a árvore gerada pela análise do GC (referência) e aquelas geradas
pelas análises das regiões genômicas/UTRs também foi calculada. Em geral, as análises
baseadas em 3'UTR e 5'UTR apresentaram as subtipagens menos confiáveis, comparando-se
com análise de GC. Para o BVDV-1, a filogenia baseada em C, Erns, E1, E2, p7, NS2, NS3,
NS4B, NS5A e NS5B foi equivalente à do GC. Em relação à região codificante de BVDV-2,
houve pelo menos uma não conformidade em comparação com a análise do GC, em todos os
alvos analisados. Após calcular a distância geodésica entre as árvores de GC e da região
codificante/UTRs, observou-se que a NS4B (para BVDV-1) e NS5A (BVDV-2) apresentaram
topologia e extensão de haste mais próximos às árvores geradas pela análise de GC. Além
desses resultados, também observou-se que 14 sequências de BVDV-2 não puderam ser
classificadas como subtipos a, b ou c. Então, realizou-se um segundo estudo mais detalhado
para verificar se essas sequências poderiam representar um subtipo distinto de BVDV-2.
Inicialmente, realizou-se uma “prova de equivalência” entre as análises filogenéticas baseadas
em 85 genomas completos/quase completos (GCQCs) e suas respectivas fases abertas de
leitura (open reading frames, ORFs), o que comprovou que as ORFs podem ser utilizadas de
forma confiável para a filogenia de BVDV-2. Isso possibilitou aumentar o conjunto de dados
para 139 sequências. Dentre essas, sete sequências, que não puderam ser classificadas como
BVDV-2 a-d, formaram um agrupamento distinto em todas as árvores filogenéticas
analisadas. Esse agrupamento foi então sugerido como um novo subtipo, denominado BVDV2e. As sequências de BVDV-2e também apresentaram 44 alterações de aminoácidos em
comparação com o BVDV-2a-c. Em conclusão, sugere-se que as regiões de NS4B e NS5A
podem ser utilizadas como alvos genômicos para a subtipagem de BVDV-1 e BVDV-2,
respectivamente. Além disso, identificou-se um grupo de BVDV-2 que pode constituir um novo subtipo (BVDV-2e), e que poderia ser investigado em futuros estudos epidemiológicos e
filogenéticos de BVDV.
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