dc.creator | Rossato, Veronica Venturini | |
dc.date.accessioned | 2019-05-08T14:30:44Z | |
dc.date.available | 2019-05-08T14:30:44Z | |
dc.date.issued | 2017-08-29 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/16459 | |
dc.description.abstract | Many factors may cause damages to the DNA, among them we can quote environmental
pollution, ionizing radiations, amongst others. The signalization involved after an instituted
damage consists in activation pathways and/or inhibitions, and the cellular answers after
the damage include a removal of it, activation of cell cycle checkpoints, senescence or
apoptosis. All of these processes are ruled by specific proteins that perform their functions
to ensure that the stages of the cellular cycle are completed before the cellular division.
Many studies suggest that senescent cells release factors that induce permanent senescence
as a bystander effect in the cellular environment. These factors are known as SMS
(Senescence-messaging secretome), and among it, TGF is a component involved in the
called “senescence bystander”. This work deals with a proposed regulatory network for
the interaction between proteins involved in the pathways of DNA damage responses and
proteins involved in TGF pathway signaling, in addition to a protein interaction network
proposed by Mombach et al. 2015. In the logical model proposed here, the variables that
represent the proteins are discrete and the interactions between them are represented by
logical operators (AND, OR and NOT) used in the rules of interactions. The inputs of the
models are: expression of the TGF pathway in different levels, single strand breaks or doubles
of the DNA (SSB – Single Strand Breaks and DSB – Double Strand Breaks) reparable
or irreparable, and as outputs we have the phenotypes of senescence, apoptosis, cell cycle
arrest and proliferation. The network was submitted to mutations simulating loss and gain
of protein functions using the GINsim 2.9.4 software. These simulations show consistency
with experimental works in phenotypes of cellular growth obtained from mutant cells. We
observed as well the effect of synergy of the inputs of the system, which gave us as answer
an increase of induction of senescence and cellular apoptosis. Approach the different functions
of the TGF pathway in synergy with proteins involved in the DNA damage signaling,
as well as evaluate the phenotypes occasioned by this combinations of interactions may be
important therapeutic strategies in the treatment of pathologies, for example cancer. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | por |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Modelo lógico | por |
dc.subject | Dano ao DNA | por |
dc.subject | Sinalização TGF | por |
dc.subject | Destino celular | por |
dc.subject | Fatores parácrinos | por |
dc.subject | Logical model | eng |
dc.subject | DNA damage | eng |
dc.subject | TGF signaling | eng |
dc.subject | Cell fate | eng |
dc.subject | Paracrine factors | eng |
dc.title | Modelo lógico da sinergia entre sinalização TGF_ e dano ao DNA no destino celular | por |
dc.title.alternative | Logical model of synergy between TGF_ signaling and DNA damage in the cell fate | eng |
dc.type | Tese | por |
dc.description.resumo | Diversos fatores podem ocasionar danos ao DNA, dentre eles podemos citar poluição ambiental,
radiações ionizantes, dentre outros. A sinalização envolvida após um dano instaurado
consiste em vias de ativação e/ou inibições, e as respostas celulares após o dano
incluem a remoção do mesmo, ativação dos pontos de checagem do ciclo celular, senescência
ou apoptose. Todos estes processos são regidos por proteínas específicas que
desempenham suas funções para garantir que as etapas do ciclo celular sejam cumpridas
anteriormente a divisão celular. Vários estudos sugerem que células senescentes liberam
fatores que induzem senescência permanente como um efeito bystander no ambiente
celular. Estes fatores são conhecidos como SMS (Senescense-messaging secretome) e
dentre eles, TGF é um componente envolvido na chamada “senescência bystander”. Este
trabalho trata-se de uma proposta de rede regulatória de interação entre proteínas envolvidas
nas vias de respostas ao dano no DNA e proteínas envolvidas na sinalização da
via de TGF , em adição a uma rede de interação de proteínas proposta por Mombach e
colaboradores em 2015. No modelo lógico proposto aqui, as variáveis que representam
as proteínas são discretas e as interações entre as mesmas são representadas por operadores
lógicos (AND, OR e NOT) utilizados nas regras de interações. As entradas do
modelo são: expressão da via TGF em diferentes níveis, quebras simples ou duplas do
DNA (SSB - Single Strand Breaks e DSB - Double Strand Breaks) reparáveis ou irreparáveis,
e como saída do modelo temos os fenótipos de senescência, apoptose, parada do
ciclo celular e proliferação. A rede foi submetida a mutações simulando perda e ganho de
função das proteínas utilizando o software GINsim 2.9.4, estas simulações demonstraram
consistência com trabalhos experimentais em fenótipos de crescimento celular obtidos a
partir de células mutantes. Observamos também o efeito da sinergia dos inputs do sistema,
os quais nos deram como resposta um aumento de indução de senescência e apoptose
celular. Abordar as diferentes funções da via de TGF em sinergia com proteínas envolvidas
na sinalização de dano ao DNA, bem como avaliar os fenótipos ocasionados por estas
combinações de interações, podem ser importantes estratégias terapêuticas no tratamento
de patologias, como por exemplo, câncer. | por |
dc.contributor.advisor1 | Mombach, Jose Carlos Merino | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/7661373078999069 | por |
dc.contributor.referee1 | Góes, Evamberto Garcia de | |
dc.contributor.referee1Lattes | http://lattes.cnpq.br/9707943694941428 | por |
dc.contributor.referee2 | Oliveira, Gilberto Orengo de | |
dc.contributor.referee2Lattes | http://lattes.cnpq.br/3128561437415578 | por |
dc.contributor.referee3 | Zimmer, Fábio Mallmann | |
dc.contributor.referee3Lattes | http://lattes.cnpq.br/6328420212181284 | por |
dc.contributor.referee4 | Librelotto, Giovani Rubert | |
dc.contributor.referee4Lattes | http://lattes.cnpq.br/0865997296771785 | por |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/1765812965709105 | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Física | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Física | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::FISICA | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Ciências Naturais e Exatas | por |