dc.creator | Castro, Thaís Regina y | |
dc.date.accessioned | 2020-01-31T15:35:17Z | |
dc.date.available | 2020-01-31T15:35:17Z | |
dc.date.issued | 2019-07-18 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/19459 | |
dc.description.abstract | Bordetella trematum is a Gram-negative coccobacillus found in wounds, diabetic foot ulcers,
otitis, peritonitis and bacteremia. Usually it does not cause infections in humans. There are
few case reports described in the literature, mainly affecting immunocompromised patients.
The pathogenicity, life cycle, reservoir and antimicrobial resistance mechanisms of B.
trematum are poorly elucidated. Virulence factors are critical to the establishment of the
infection. Identificating them is crucial to understand bacterial pathogenesis and interaction
with the host. Information about antimicrobial resistance mechanisms plays a key role in the
choice of appropriate therapy wich may contribute to a favorable clinical outcome. The aims
of this work were to report a rare case of B. trematum in diabetic ulcer and to present the
cases already described by other authors; to investigate and describe the function of possible
genes encoding virulence factors; to investigate and describe the function of possible
antimicrobial resistance genes, as well as to evaluate the antimicrobial resistance phenotype of
the clinical isolate, correlating it to the genotype. The isolate was identified by the VITEK 2
system, whose identification was confirmed by Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-
Time of flight mass spectometry (MALDI-TOF MS) in the VITEK-MS system. Afterwards, it
was submitted to whole genome sequencing by the Illumina MiSeq technology, with
subsequent bioinformatic analysis. The virulence and antimicrobial resistance genes were
investigated using the ABRicate tool in the Virulence Factors Database (VFDB) and
Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). The antimicrobial susceptibility was
evaluated by broth microdilution. Sixteen genes encoding virulence factors were found, cheA,
cheW, cheI, fliI, fliN, fliC, bplA, bplA, bplB, bplC, bplD, iroN, mgtA, relA, mtrD and brkB.
These genes are involved in several functions in the bacterial cell, such as chemotaxis,
motility, lipopolysaccharide biosynthesis, iron and magnesium acquisition, remodeling of
bacterial metabolism, expression of efflux pumps and resistance to complement-mediated cell
death. Further studies are needed to evaluate the expression and functionality of these genes.
In the resistance analysis, the macB, mdsB, mexI and ceoB genes related to efflux pumps were
found. In the antimicrobial susceptibility test, only aztreonam had a high inhibitory
concentration (>16 μg/mL). The absence of the ftsI gene, which encodes the penicillinbinding
protein 3 (PBP3), targeting aztreonam, may be related to this phenotype. The efflux
pumps found are not related to beta-lactam resistance. Additional studies will be needed to
determine the impact of these efflux pumps on antimicrobial resistance in B. trematum. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | por |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Bordetella trematum | por |
dc.subject | Úlcera de pé diabético | por |
dc.subject | Resistência a antimicrobianos | por |
dc.subject | Fatores de virulência | por |
dc.subject | Sequenciamento de genoma total | por |
dc.subject | Diabetic foot ulcer | eng |
dc.subject | Antimicrobial resistance | eng |
dc.subject | Virulence factors | eng |
dc.subject | Whole genome sequencing | eng |
dc.title | Descrição de isolado clínico de Bordetella trematum por sequenciamento de genoma total | por |
dc.title.alternative | Description of clinical isolate of Bordetella trematum by whole genome sequencing | eng |
dc.type | Dissertação | por |
dc.description.resumo | Bordetella trematum é um cocobacilo Gram-negativo encontrado em feridas, úlceras de pé
diabético, otite, peritonite e bacteremia. Usualmente não causa infecções em humanos, visto
que há poucos relatos de casos descritos na literatura, acometendo sobretudo pacientes
imunocomprometidos. A patogenicidade, ciclo de vida, reservatório e mecanismos de
resistência aos antimicrobianos de B. trematum são pouco elucidados. Os fatores de virulência
(FV) de uma bactéria são fundamentais para o estabelecimento de uma infecção. Sua
identificação possui importância no esclarecimento da patogênese bacteriana e interação com
o hospedeiro. Já o conhecimento acerca dos mecanismos de resistência aos antimicrobianos
tem papel fundamental na escolha da antibioticoterapia adequada a ser administrada ao
paciente, o que pode contribuir para um desfecho clínico favorável. Os objetivos desse
trabalho consistiram em relatar um caso raro de B. trematum em úlcera de pé diabético e
apresentar os casos já descritos por outros autores, comparando aos dados obtidos; pesquisar e
descrever a função de possíveis genes codificadores de fatores de virulência; pesquisar e
descrever a função de possíveis genes de resistência aos antimicrobianos, bem como avaliar o
fenótipo de resistência aos antimicrobianos do isolado clínico, correlacionando-o ao genótipo.
O isolado foi identificado pelo sistema VITEK 2, tendo sua identificação confirmada por
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of flight mass spectometry (MALDI-TOF
MS) no sistema VITEK MS. Após, foi submetido a sequenciamento do genoma total (Whole
Genome Sequencing- WGS) pela tecnologia Illumina MiSeq, com posterior análise
bioinformática. A pesquisa dos genes de virulência e resistência aos antimicrobianos foi
realizada pela ferramenta ABRicate nas bases de dados Virulence Factors Database (VFDB)
e Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). A susceptibilidade aos
antimicrobianos foi avaliada por microdiluição em caldo. Foram encontrados dezesseis genes
codificadores de fatores de virulência, cheA, cheW, cheY, fliI, fliN, fliQ, fliC, bplA, bplB,
bplC, bplD, iroN, mgtA, relA, mtrD e brkB. Esses genes estão envolvidos em diversas funções
na célula bacteriana, como quimiotaxia, motilidade, biossíntese do lipopolissacarídeo (LPS),
aquisição de ferro e magnésio, no remodelamento do metabolismo bacteriano, na expressão
de bombas de efluxo e na resistência à morte celular mediada pelo sistema complemento.
Mais estudos são necessários para avaliar a expressão e funcionalidade desses genes. Na
análise de resistência, foram encontrados os genes macB, mdsB, mexI e ceoB, relacionados a
bombas de efluxo. No teste de susceptibilidade aos antimicrobianos (TSA), apenas o
aztreonam apresentou concentração inibitória mínima (CIM) elevada (>16μg/mL). A ausência
do gene ftsI, que codifica a proteína de ligação a penicilina 3 (penicillin-binding protein 3-
PBP3), alvo de ação do aztreonam, pode estar relacionada a esse fenótipo. As bombas de
efluxo encontradas não estão relacionadas à resistência aos β-lactâmicos. São necessários
estudos adicionais para determinar o impacto da ação dessas bombas de efluxo na resistência
aos antimicrobianos em B. trematum. | por |
dc.contributor.advisor1 | Trindade, Priscila de Arruda | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0124362929241308 | por |
dc.contributor.referee1 | Alves, Sydney Hartz | |
dc.contributor.referee1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0330782478769631 | por |
dc.contributor.referee2 | Costa, Silvia Figueiredo | |
dc.contributor.referee2Lattes | http://lattes.cnpq.br/1477475164233116 | por |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/9909182531797606 | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Análises Clínicas e Toxicológicas | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE::FARMACIA | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Ciências da Saúde | por |