dc.creator | Rosa, Marcos Trindade da | |
dc.date.accessioned | 2022-05-06T17:13:15Z | |
dc.date.available | 2022-05-06T17:13:15Z | |
dc.date.issued | 2022-01-31 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/24309 | |
dc.description.abstract | Platyhelminthes is the phylum with the highest adaptive radiation of invertebrates, and is
currently divided into five classes: Catenulide, Rhabditophora, Monogenea, Cestoda and
Trematoda. Phylogenetic analyses, using 12 mitochondrial genes from 165 species of
Platyhelminthes, position Catenulide as a sister group to Rhabditophora. Long read
sequencing revealed, in some Platyhelminthes species, that mitogenomes can be larger
than those presented by short read sequencing. S. leucops has few differentiated tissues
and is rich in stem cells, responsible for its regeneration and reproduction. The literature
presents contradictory descriptions about regenerative aspects of S. leucops in the zooid
formation, when the anterior cephalic part and the posterior body are removed. The
experiments redone by us, found that all the regeneration ways described in the
literature, can be obtained. The microbiome of S. leucops seems to go beyond simple
food for the worm, as it has the capacity to express DNA contained in bacteria (plasmid
with gfp marker). S. leucops is also able to utilize “free DNA” present in its
environment, even at lower rates, when compared to that available in the microbiome.
We analyzed the microbiome of S. leucops in an isolineage maintained for 12 years in
laboratory culture, and variations in its cultivation caused by the pandemic (home
cultivation) and collection from nature today. The microbiome of S. leucops is not rigid,
as in the case of another Catenulide that has a well-studied microbiome, Paracatenula sp.
This doctoral thesis also brings DNA and RNA sequencing, in addition to previous data
from their respective assemblies and annotations. The sequences come from the
Illumina, Oxford Nanopore and IonTorrent S5 methodologies. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | por |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Genoma | por |
dc.subject | Stenostomum leucops | por |
dc.subject | Platyhelminthes | por |
dc.subject | Catenulida | por |
dc.subject | Filogenia | por |
dc.subject | Regeneração | por |
dc.subject | Plasticidade ecológica | por |
dc.subject | Elementos transponíveis | por |
dc.title | Descrição do genoma, transcriptoma e microbioma de Stenostomum leucops (Platyhelminthes, Catenulida), com enfoque na filogenia, regeneração, plasticidade ecológica e elementos transponíveis. | por |
dc.title.alternative | Description of the genome, transcriptome and microbiome of Stenostomum leucops (Platyhelminthes, Catenulide), focusing on phylogeny, regeneration, ecological plasticity and transposable elements. | eng |
dc.type | Tese | por |
dc.description.resumo | Platyhelminthes é o filo com maior radiação adaptativa dos invertebrados, e está dividido
atualmente em cinco classes: Catenulida, Rhabditophora, Monogenea, Cestoda e Trematoda.
As análises filogenéticas, empregando 12 genes mitocondriais de 165 espécies de
Platyhelminthes, posiciona Catenulida como grupo irmão de Rhabditophora. Sequenciamento
long reads revelaram, em algumas espécies de Platyhelminthes, que os mitogenomas podem
ser maiores do que os apresentados por sequenciamentos do “short reads”. S. leucops
apresenta poucos tecidos diferenciados e é ricos em células-tronco (stem cells), responsáveis
por sua regeneração e reprodução. A literatura apresenta descrições contraditórias sobre
aspectos regenerativos de S. leucops na formação de zooide, quando se remove a parte
cefálica anterior e o corpo posterior. Os experimentos refeitos por nós, constataram que todas
as maneiras de regeneração descritas na literatura, podem ser obtidas. O microbioma de S.
leucops parece ir além de simples alimento para o verme, pois este têm capacidade de
expressar DNA contido em bactérias (plasmídeo com marcador gfp). S. leucops também tem
capacidade de utilizar “DNA livre” presente em seu meio, mesmo em taxas menores, quando
comparado ao disponível no microbioma. Analisamos o microbioma de S. leucops em uma
isolinhagem mantida por 12 anos em cultivo no laboratório, e variações em seu cultivo
causado pela pandemia (cultivo em domicílio) e coleta da natureza atualmente. O microbioma
de S. leucops não é rígido, como no caso de outro Catenulida que tem o microbioma bem
estudado o Paracatenula sp. Esta tese de doutoramento, também traz o sequenciamento de
DNA e RNA, além dos dados prévios de suas respectivas montagens e anotações. As
sequências são provenientes das metodologias Illumina, Oxford Nanopore e IonTorrent S5. | por |
dc.contributor.advisor1 | Loreto, Elgion Lucio da Silva | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/6493669115018157 | por |
dc.contributor.referee1 | Graichen, Daniel Ângelo Sganzerla | |
dc.contributor.referee2 | Robe, Lizandra Jaqueline | |
dc.contributor.referee3 | Wallau, Gabriel da Luz | |
dc.contributor.referee4 | Haag, Karen Luisa | |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/5051156401452081 | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Ciências Biológicas | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Ciências Naturais e Exatas | por |