dc.creator | Mucellini, Carolina Isabela | |
dc.date.accessioned | 2023-03-09T10:55:58Z | |
dc.date.available | 2023-03-09T10:55:58Z | |
dc.date.issued | 2023-02-07 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/28123 | |
dc.description.abstract | Whole-genome phylogenetic analysis, the most suitable strategy for subtyping bovine
viral diarrhea vírus 1 (BVDV) and BVDV-2, is not feasible for many laboratories.
Consequently, BVDV isolates/strains have been frequently subtyped by the analysis
of single genomic regions, mainly the 5' untranslated region (5'UTR). This approach,
however, may lead to inaccurate and/or poorly statistically supported viral
classifications. Herein, we describe novel primer sets whose amplicons may be easily
sequenced and used for subtyping BVDV-1 and BVDV-2. Initially, genomic regions of
BVDV-1 and BVDV-2, previously described as the most suitable targets for bovine
pestivirus subtyping, were analyzed for the design of high-coverage primers. Then,
the putative amplicons were analyzed in silico for their suitability to reproduce the
phylogenetic classification of 118 (BVDV-1) and 88 (BVDV-2) complete/near
complete genomes (CNCGs) available on GenBank. This analysis was also
performed considering the region amplifiable by primers HCV90-368, largely used
used for classification/subtyping of bovine pestiviruses. After confirming agreement
between the analyses performed with the putative amplicons from our primers versus
those from the CNCGs, we optimized the RT-PCR assays and evaluated their
performance in the amplification of several BVDV isolates/strains from Brazil,
Argentina and the United States. Among potential targets for bovine pestivirus
subtyping, we designed high-coverage primers for NS3-NS4A (BVDV-1) (526bp
amplicon) and NS5B (BVDV-2) (728bp). The phylogenetic classification based on
these regions fully reproduced the subtyping of all CNCGs analyzed in the study. On
the other hand, subtyping based on the putative amplicon from primers HCV90-368
showed four (BVDV-1) and twelve (BVDV-2) disagreements in relation to the CNCG
classification. The NS3-NS4A and NS5B primers also allowed the amplification of all
BVDV isolates/strains analyzed here. Finally, considering the phylogenetic analyses
from our putative amplicons, as well as the performance of RT-PCR assays, we
suggest the use of these primers in future phylogenetic and epidemiological studies of BVDV-1 and BVDV-2. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | por |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Pestivírus | por |
dc.subject | Filogenia | por |
dc.subject | NS3 | por |
dc.subject | NS4A | por |
dc.subject | NS5B | por |
dc.subject | Phylogeny | eng |
dc.title | Alvos genômicos para subtipagem de vírus da diarreia viral bovina 1 (BVDV-1) e BVDV-2 | por |
dc.title.alternative | Genomic targets for subtyping of bovine viral diarrhea virus 1 (BVDV-1) and BVDV-2 | eng |
dc.type | Dissertação | por |
dc.description.resumo | A análise filogenética do genoma completo, estratégia mais adequada para a
subtipagem dos vírus da diarreia viral bovina 1 (BVDV-1) e BVDV-2, não é viável
para muitos laboratórios. Consequentemente, isolados e cepas de BVDV têm sido
frequentemente subtipados pela análise de determinadas regiões genômicas,
principalmente a região não traduzida 5' (5' untranslated region, 5'UTR). Essa
abordagem, no entanto, pode levar a classificações equivocadas e/ou com baixo
suporte estatístico. Nesse contexto, o presente estudo descreve o desenho e
utilização de novos pares de primers cujos amplicons podem ser facilmente
sequenciados e utilizados para subtipagem de BVDV-1 e BVDV-2. Inicialmente,
regiões genômicas do BVDV-1 e BVDV-2, previamente descritas na literatura como
os alvos mais adequados para subtipagem dos pestivírus bovinos, foram analisadas
para o desenho de primers de alta cobertura. Em seguida, as regiões amplificáveis
por esses primers foram analisadas in silico quanto à capacidade de reproduzir a
classificação filogenética de 118 (BVDV-1) e 88 (BVDV-2) genomas
completos/quase completos (GCQCs) disponíveis no GenBank. Essa análise
também foi realizada considerando a região amplificável pelos primers HCV90-368,
a qual tem sido comumente utilizada para a classificação/subtipagem de pestivírus
bovinos. Após comprovar a conformidade entre as análises realizadas com a região
amplificável pelos primers do presente estudo versus as análises de GCQC, seguiuse com a otimização dos ensaios de RT-PCR e com a avaliação de sua capacidade
de amplificar isolados e cepas de BVDV do Brasil, Argentina e Estados Unidos. As
regiões de BVDV-1 e BVDV-2 que permitiram o desenho de primers de alta
cobertura foram a NS3-NS4A (amplicon de 526pb) e NS5B (728pb),
respectivamente. A classificação filogenética com base nessas regiões reproduziu
integralmente a subtipagem de todos os GCQCs analisados. Por outro lado, a
subtipagem baseada na região amplificável pelos primers HCV90-368 apresentou
quatro (BVDV-1) e doze (BVDV-2) discordâncias em relação à classificação dos
GCQCs. Os primers de NS3-NS4A e NS5B também permitiram a amplificação de
todos os isolados/cepas de BVDV analisados. Por fim, considerando as análises
filogenéticas das regiões amplificáveis pelos primers descritos aqui, bem como o
desempenho dos ensaios de RT-PCR, sugere-se o seu uso em futuros estudos
filogenéticos e epidemiológicos de BVDV-1 e BVDV-2. | por |
dc.contributor.advisor1 | Weiblen, Rudi | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/7946350215388090 | por |
dc.contributor.advisor-co1 | Silva Júnior, José Valter Joaquim | |
dc.contributor.referee1 | Monteiro, Francielle Liz | |
dc.contributor.referee2 | Silveira, Simone | |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/9829887549459052 | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Medicina Veterinária | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Medicina Veterinária | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Ciências Rurais | por |