dc.creator | Merchioratto, Ingryd | |
dc.date.accessioned | 2023-04-19T10:28:30Z | |
dc.date.available | 2023-04-19T10:28:30Z | |
dc.date.issued | 2023-03-08 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/28743 | |
dc.description.abstract | Papillomaviruses (PVs) produce proliferative lesions in cutaneous and mucosal
epithelium, which may be benign or eventually evolve to malignancy. A number of PV types
have been described, which may infect a variety of hosts. Although PVs are generally speciesspecific,
some bovine papillomaviruses (BPVs) have been described in other species, such as
horses, sheep, goats, buffalo, yaks and domestic cats. It has also been reported that PVs may be
found in single or mixed infections. PV types are usually identified by phylogenetic analysis of
the L1 gene. Herein, the first study of this Thesis describes a phylogenetic analysis of BPVs
circulating in Rio Grande do Sul (RS) state between 2016 and 2020. In this study, DNAs from
43 samples of bovine papillomas were amplified using two degenerate primer sets, FAP59/64
and MY09/11, which are targeted at amplification of part of L1. These amplicons were
phylogenetically analyzed and evaluated for amino acid sequences. An in silico analysis was
also performed with 114 complete L1 sequences (GenBank) to evaluate the agreement between
the phylogenetic classification of L1 versus that based on the amplified region with primers
FAP59/64 and MY09/11. We identified 31 BPV-1 (72.1%), 27 BPV-2 (62.8%) and 4 BPV-6
(9.3%). Mixed BPV-1 and 2 infections were observed in 61.3% of the samples (19/31). All
BPV-6 was found in simple infections. An in silico approach demonstrated that the analysis of
the FAP59/64 and MY09/11 amplicons may reproduce the complete L1 classification.
Furthermore, unique or rare amino acids were found in at least one L1 sequence of each type
of BPV identified in the study, some of which are in potential epitopes of PVs, suggesting an
immune-mediated evolution of the viruses analyzed here. The second study reports a
phylogenetic analysis of PVs circulating in dogs from RS between 2017 and 2022. For this,
DNA from 26 canine papilloma samples were amplified with primers FAP59/64 and/or
MY09/11. An in silico analysis was also performed with 46 complete L1 sequences (GenBank)
to evaluate the concordance between the classifications based on the amplifiable region by
FAP59/64 and MY09/11 vs that given by the analysis of the complete CPV L1. All PVs
amplified by FAP59/64 (n = 22) were classified as CPV-1. Interestingly, the PVs amplified by
MY09/11 (n = 4) were classified as BPV-1, with three detected in mixed infection with CPV-
1. In conclusion, the studies in this Thesis contribute to the knowledge about PVs by: i)
describing and identifying single and mixed infections by BPV and CPV in RS; ii)
demonstrating the adequacy of classification of BPV and CPV based on sequences amplified
by primers FAP59/64 and MY09/11; iii) raising the hypothesis that BPVs circulating in RS
may be under selective pressure by the host immune response; and iv) highlighting the
possibility of infection of dogs by BPV-1. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | por |
dc.description.sponsorship | Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq | por |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | BPV | por |
dc.subject | CPV | por |
dc.subject | Infecções mistas | por |
dc.subject | FAP59/64 | por |
dc.subject | MY09/11 | por |
dc.subject | Mixed infections | eng |
dc.title | Análise filogenética de papilomavírus de bovinos e caninos no Rio Grande do Sul | por |
dc.title.alternative | Phylogenetic analysis of papillomaviruses in cattle and dogs in Rio Grande do Sul | eng |
dc.type | Tese | por |
dc.description.resumo | Os papilomavírus (PVs) produzem lesões proliferativas no epitélio cutâneo e mucoso, podendo
ser benignas ou, eventualmente, evoluir para a malignidade. Um grande número de PVs têm
sido descritos, que podem infectar uma variedade de hospedeiros. Embora os PVs sejam
geralmente espécie-específicos, alguns papilomavírus bovinos (BPVs) já foram descritos em
outras espécies, como equinos, ovelhas, cabras, búfalos, iaques e felinos domésticos. Também
tem sido relatado que os PVs podem ser encontrados em infecções simples ou em coinfecções.
A identificação dos tipos de PVs envolvidos nas lesões é realizada principalmente pela análise
filogenética do gene L1. Assim, o primeiro estudo desta Tese descreve uma análise filogenética
dos BPVs circulantes no estado do Rio Grande do Sul (RS) entre os anos de 2016 e 2020. Neste
estudo, o DNA de PVs foi amplificado a partir de 43 amostras de papiloma bovino, utilizando
os pares de primers FAP59/64 e MY09/11, direcionados para a amplificação de parte da L1.
Os amplicons foram sequenciados e analisados filogeneticamente, e também submetidos à
análise da sequência de aminoácidos. Também foi realizada uma análise in silico com 114
sequências completas de L1 (GenBank) para avaliar a concordância entre a classificação
filogenética baseada na L1 versus aquela baseada na região amplificada com os primers
FAP59/64 e MY09/11. Nesse estudo foram identificados 31 BPV-1 (72,1%), 27 BPV-2 (62,8%)
e 4 BPV-6 (9,3%). Infecções mistas por BPV-1 e 2 foram observadas em 61,3% das amostras
(19/31). Todos os BPV-6 foram identificados em infecções simples. A avaliação in silico
comprovou que a análise dos amplicons de FAP59/64 e MY09/11 podem reproduzir a
classificação da L1 completa. Além disso, foram observados aminoácidos únicos ou raros em
pelo menos uma sequência de L1 de cada tipo de BPV identificado no estudo, alguns dos quais
estão em potenciais epítopos de PVs, sugerindo uma evolução imunomediada dos vírus
analisados. O segundo estudo reporta uma análise filogenética de PVs circulantes em cães no
RS entre 2017 e 2022. Para isso, DNA de PVs foram amplificados a partir de 26 amostras de
papiloma canino, com os primers FAP59/64 e/ou MY09/11. Também foi realizado uma análise
in silico com 46 sequências de L1 completa (GenBank) para avaliar a concordância entre as
classificações baseadas na região amplificável por FAP59/64 e MY09/11 vs aquela dada pela
análise da L1 completa. Nesse estudo, todos os PVs amplificados por FAP59/64 (n = 22) foram
classificados como CPV-1. Interessantemente, os PVs amplificados pelos primers MY09/11 (n
= 4) foram classificados como BPV-1, sendo três detectados em infecção mista com CPV-1.
Em conclusão, os estudos dessa Tese contribuem para o conhecimento sobre PVs ao: i)
identificar infecções simples e mistas por BPV e CPV no RS; ii) demonstrar a adequação das
classificações de BPV e CPV com base nas sequências amplificáveis por FAP59/64 e
MY09/11; iii) levantar a hipótese de que BPVs do RS podem estar sob pressão seletiva pela
resposta imune do hospedeiro; e iv) identificar potencial infecção de cães por BPV-1. | por |
dc.contributor.advisor1 | Weiblen, Rudi | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/7946350215388090 | por |
dc.contributor.advisor-co1 | Silva Junior, José Valter Joaquim da | |
dc.contributor.referee1 | Flores, Eduardo Furtado | |
dc.contributor.referee2 | Brum, Mario Celso Sperotto | |
dc.contributor.referee3 | Lunardi, Michele | |
dc.contributor.referee4 | Cibulski, Samuel Paulo | |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/7650992213425450 | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Medicina Veterinária | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Medicina Veterinária | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Ciências Rurais | por |