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dc.creatorCassol, Luísa Vargas
dc.date.accessioned2024-06-03T15:03:28Z
dc.date.available2024-06-03T15:03:28Z
dc.date.issued2024-04-09
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufsm.br/handle/1/31955
dc.description.abstractThe epithelial-mesenchymal transition (EMT) is a biological process in which epithelial cells undergo biochemical changes and are transformed into mesenchymal cells, a transition that plays a crucial role in tumor propagation through metastasis. Several factors contribute to this transition, among them the extracellular matrix (ECM), which, in its healthy state, serves a protective function against tumor development and spread. Long non-coding RNAs (lncRNAs) represent a new category of non-coding RNAs that play a significant role in cancer progression and can also be a corroborating factor for EMT. The advancement in understanding the molecules and interactions governing the complex EMT system has demanded the application of computational approaches revealing the intricacies of its dynamics. Against this backdrop, the present study aims to investigate the dynamics of epithelialmesenchymal transition, considering the influence of new molecules from the extracellular matrix, the behavior of the long non-coding RNA ATB (lncRNA-ATB) in the model, and the temporal evolution of the system, based on a previously proposed breast cancer network. Logical modeling was used for these analyses, and simulations were conducted comparing the atemporal model using the GINsim software to the temporal model employing the Ma- BoSS software simulating time. In the end, the comparison results between the atemporal and temporal models proved to be consistent. Additionally, the combination of the ECM with transforming growth factor-beta (TGF-β) revealed the progression of the transition when the ECM is rigid, while the influence of lncRNA-ATB was associated with a new stable state, indicating its relation to the destabilization of cellular transition.eng
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESpor
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal de Santa Mariapor
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectRede regulatóriapor
dc.subjectMetástasepor
dc.subjectDinâmica temporalpor
dc.subjectRegulatory networkeng
dc.subjectMetastasiseng
dc.subjectTemporal dynamicseng
dc.titleModelagem discreta de transição epitelial mesenquimal: o papel da matriz extracelularpor
dc.title.alternativeDiscrete modeling of epithelial-mesenchymal transition: the role of the extracellular matrixeng
dc.typeDissertaçãopor
dc.description.resumoA transição epitelial mesenquimal (TEM) é um processo biológico no qual células epiteliais sofrem alterações bioquímicas e são transformadas em mesenquimais, transição a qual desempenha um papel crucial na propagação tumoral por meio da metástase. Alguns fatores colaboram para que essa transição ocorra, dentre eles a matriz extracelular (MEC), em seu estado saudável, desempenha uma função protetora contra o desenvolvimento e disseminação de tumores. Os RNAs longos não codificantes (lncRNAs), representam uma nova categoria de RNAs não-codificantes que desempenham um papel significativo na progressão do câncer, os quais também podem ser um fator de corroboração para a TEM. O avanço no entendimento das moléculas e interações que regem o complexo sistema da TEM tem demandado a aplicação de abordagens computacionais que revelam a complexidade de sua dinâmica. Diante deste referencial, o presente trabalho tem por objetivo geral estudar a dinâmica da transição epitelial mesenquimal e para atender tal propósito, foi levada em consideração a influência de novas moléculas da matriz extracelular, o comportamento do o RNA longo não-codificante ATB (lncRNA-ATB) no modelo e a evolução temporal do sistema, a partir de uma rede de câncer de mama proposta anteriormente. Para analisar essas execuções foi utilizada a modelagem lógica, a partir da qual foram feitas simulações comparando o modelo atemporal, utilizando o software GINsim, ao modelo temporal empregando o software MaBoSS simulando o tempo. Ao final, os resultados de equiparação dos modelos atemporal para o que simula o tempo se mostraram correspondentes. Adicionalmente, a combinação da MEC ao fator de crescimento transformador beta (TGF-β), revelou a progressão da transição quando a MEC é rígida, enquanto a influência do lncRNA-ATB foi associada a um novo estado estável, indicando sua relação com a desestabilização da transição celular.por
dc.contributor.advisor1Mombach, Jose Carlos Merino
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/7661373078999069por
dc.contributor.advisor-co1Silveira, Daner Acunha
dc.contributor.referee1Dorneles, Lucio Strazzabosco
dc.contributor.referee2Oliveira, Luciana Renata de
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/7100460476434040por
dc.publisher.countryBrasilpor
dc.publisher.departmentFísicapor
dc.publisher.initialsUFSMpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Físicapor
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::FISICApor
dc.publisher.unidadeCentro de Ciências Naturais e Exataspor


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