dc.creator | Bonini, Jéssica Augusti | |
dc.date.accessioned | 2020-01-28T10:58:05Z | |
dc.date.available | 2020-01-28T10:58:05Z | |
dc.date.issued | 2019-08-16 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/19434 | |
dc.description.abstract | The analysis of information generated by studies in the field of bioinformatics and molecular
biology helps researchers to understand complex cellular processes and genetic interactions
in the stages of pathologies that affect humans. The large volume of data generated
by these surveys requires the use of resources that allow the integration, processing and
sharing of the knowledge produced. Among these tools there are ontologies, which allow
to note phenotypic and genetic characteristics through the definition of concepts and
semantic relationships between them. Ontocancro is inserted in this context and its main
objective is to assist in the research of gene expression of biological networks of genes
involved in cancer. The ontology is in the third version and during its development has
undergone several changes made by different researchers. To specify each new version,
each researcher selected a methodology that met their needs at that time. The non-use
of the same methodology to specify and evolve the ontology has cast doubt on the quality
and completeness of formalized knowledge, as there are no archives demonstrating what
was built and no documentation indicating how the structure evolved over the time. Thus,
the present study developed the design and specification of Ontocancro using a unique ontology
engineering methodology to ensure knowledge sharing and interoperability between
domain versions and features, as well as ontology compatibility with the current state of the
project. The methodology used for the development of the proposed project was the NeOn
and the reused ontological resource for the specification of the concepts was the BioPax
ontology, according to the reuse guidelines. In addition to documenting the specification
stages of Ontocancro and the insertion of the concept of gene expression, mapping the
product encoded by each gene inserted in the study, an updated file was created with the
implementation of ontology in OWL. | eng |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Bioinformática | por |
dc.subject | Ontologias | por |
dc.subject | Ontocancro | por |
dc.subject | Câncer | por |
dc.subject | Bioinformatics | eng |
dc.subject | Ontologies | eng |
dc.subject | Ontocancro | eng |
dc.subject | Cancer | eng |
dc.title | Engenharia ontológica aplicada para o projeto e especificação da ontocancro | por |
dc.title.alternative | Ontological engineering applied for design and specification of ontocancro | eng |
dc.type | Dissertação | por |
dc.description.resumo | A análise de informações geradas por estudos no domínio bioinformática e da biologia
molecular auxilia pesquisadores a compreender processos celulares complexos e as interações
genéticas nas fases de patologias que acometem o ser humano. O grande volume
de dados gerados por essas pesquisas exige o uso de recursos que permitam a integração,
processamento e compartilhamento do conhecimento produzido. Dentre essas
ferramentas, estão as ontologias, as quais permitem anotar características fenotípicas e
genéticas por meio da definição de conceitos e relacionamentos semânticos entre eles. A
Ontocancro está inserida nesse contexto e tem como objetivo principal auxiliar nas pesquisas
da expressão gênica de redes biológicas de genes envolvidos no câncer. A ontologia
encontra-se na terceira versão e durante seu desenvolvimento passou por diversas alterações
realizadas por diferentes pesquisadores. Para a especificação de cada nova versão,
cada pesquisador selecionou uma metodologia que atendia suas necessidades naquele
momento. A não utilização de uma mesma metodologia para especificar e evoluir a ontologia
trouxe dúvidas sobre a qualidade e a completude do conhecimento formalizado, uma
vez que não existem arquivos que demonstrem o que foi construído e nem documentações
que indiquem como a estrutura foi evoluída ao longo dos anos. Dessa forma, o presente
estudo desenvolveu o projeto e especificação da Ontocancro utilizando uma metodologia
única de engenharia de ontologias, visando garantir o compartilhamento do conhecimento
e a interoperabilidade entre as versões e os recursos existentes no domínio, bem como a
compatibilidade da ontologia com o estado atual do projeto de pesquisa. A metodologia
utilizada para o desenvolvimento do projeto proposto foi a NeOn e o recurso ontológico
reutilizado para especificação dos conceitos foi a ontologia BioPax, conforme as diretrizes
de reuso. Além da documentação das etapas de especificação da Ontocancro e a inserção
do conceito de expressão gênica, mapeando o produto codificado por cada gene inserido
no estudo, foi gerado um arquivo atualizado com a implementação da ontologia em OWL. | por |
dc.contributor.advisor1 | Librelotto, Giovani Rubert | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0865997296771785 | por |
dc.contributor.referee1 | Pereira, Rafael Teodósio | |
dc.contributor.referee1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0447475597832377 | por |
dc.contributor.referee2 | Gassen, Jonas Bulegon | |
dc.contributor.referee2Lattes | http://lattes.cnpq.br/9693649745603984 | por |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/3180891869455614 | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Ciência da Computação | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Tecnologia | por |