dc.creator | Weiblen, Carla | |
dc.date.accessioned | 2021-06-07T17:58:32Z | |
dc.date.available | 2021-06-07T17:58:32Z | |
dc.date.issued | 2019-02-22 | |
dc.identifier.uri | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/21063 | |
dc.description.abstract | Oomycetes are eukaryote microorganisms belonging to a supergroup called Stramenopiles-Alveolata-Rhizaria
(SAR) that includes members with saprobic and pathogenic characteristics. Pythium insidiosum, a pathogen of
plants and mammals, stands out among the genera of major importance in the peronosporalean lineage. Pythiosis
is a chronic granulomatous disease with an unfavorable prognosis, widely distributed throughout the world. In
recent years, there has been an increase in cases of pythiosis, especially in animals and humans, and Brazil and
Thailand, respectively. It should be noted that many gaps in knowledge about important aspects of this disease
must be fulfilled, especially in relation to the biology and evolution of the etiological agent, epidemiology,
diagnosis and therapy. Thus, the objectives of the study are: (i) to use polymerase chain reaction (PCR) based on
single nucleotide polymorphisms (SNPs) of ribosomal DNA sequence (rDNA) to identify and genotype South
American isolates of P. insidiosum and (ii) to analyze phylogenetic relationships and evolutionary aspects of
peronosporaleans, especially P. insidiosum using a multilocus approach with one mitrocondrial gene and three
nuclear genes. Objective (i) was achieved through the identification of P. insidiosum by the PCR-multiplex
technique based on three SNPs. In addition, the method allowed to identify the formation of three clades of P.
insidiosum (clade I: American isolates, including for the first time, a Uruguayan isolate, clade II: Thai, Japanese
and Indian isolates and clade III: Thai isolates). The results that encompass objective (ii) correspond to the
multilocus analysis of 55 oomycetes by the Maximum Likelihood and Bayesian Analysis methods. P. insidiosum
formed a major monophyletic and polytomic clade of American isolates; however, Pythium spp. was
paraphyletic with Phytopythium sp. and Phytophthora spp. Albugo candida was positioned as an initial branch of
peronosporaleans, which was subdivided into three clades, one of which evidenced the close relationship of P.
insidiosum, P. aphanidermatum and P. arrhenomanes. Peronosporaleans diverged 136 million years ago and P.
insidiosum diversified approximately 24 million years ago, with the divergence of American and Thai isolates,
approximately 17 million years ago and subsequent American diversification occurring there are 2.4 million
years ago. The reconstruction of the ancestral state characterizes that the ancestors of peronosporaleans presented
phytopathogenic properties, with the ancestors of Pythium + Phytopythium + Phythophthora presenting
necrotrophic properties. The applicability of the multiplex-PCR for identification and genotyping of the South
American isolates of P. insidiosum, which showed similar genetic characteristics among these isolates, was
concluded in this thesis. In addition, the multilocus analysis allowed verifying phylogenetic relationships and
important evolutionary aspects of oomycetes, emphasizing P. insidiosum. | eng |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de Santa Maria | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Peronosporaleans | eng |
dc.subject | Pitiose | por |
dc.subject | Polimorfismos de nucleotídeo único | por |
dc.subject | Análise filogenética | por |
dc.subject | Multilocus | por |
dc.subject | Evolução | por |
dc.subject | Peronosporaleans | eng |
dc.subject | Pythiosis | eng |
dc.subject | Single nucleotide polymorphisms | eng |
dc.subject | Multi-locus phylogenetic analysis | eng |
dc.subject | Evolution | eng |
dc.title | Genotipagem e aspectos filogenéticos e evolutivos de Pythium insidiosum | por |
dc.title.alternative | Genotyping and phylogenetic and evolutionary aspects of Pythium insidiosum | eng |
dc.type | Tese | por |
dc.description.resumo | Oomicetos são micro-organismos eucariontes pertencentes a um supergrupo denominado de Stramenopiles-
Alveolata-Rhizaria (SAR) que inclui integrantes com características sapróbias e patogênicas. Pythium
insidiosum, um patógeno de plantas e mamíferos, destaca-se entre os gêneros de maior importância na linhagem
peronosporalean. A pitiose é uma doença granulomatosa crônica de prognóstico desfavorável, amplamente
distribuída no mundo. Observa-se, nos últimos anos, um aumento de casos de pitiose, especialmente em animais
e humanos, sendo os locais de maior incidência o Brasil e a Tailândia, respectivamente. Destaca-se que muitas
lacunas do conhecimento sobre aspectos importantes dessa enfermidade devem ser preenchidas, especialmente
em relação à biologia e evolução do agente etiológico, à epidemiologia, ao diagnóstico e à terapêutica. Desta
forma, os objetivos do estudo são: (i) utilizar a reação em cadeia da polimerase (PCR) baseada em
polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) de sequência de DNA ribossomal (rDNA) para identificar e
genotipar isolados sulamericanos de P. insidiosum e (ii) analisar as relações filogenéticas e aspectos evolutivos
dos peronosporaleans, especialmente de P. insidiosum usando uma abordagem multilocus com um gene
mitrocondrial e três genes nucleares. O objetivo (i) foi alcançado através da identificação de P. insidiosum pela
técnica de PCR-multiplex baseada em três SNPs. Adicionalmente, o método permitiu identificar a formação de
três clados de P. insidiosum (clado I: isolados americanos, incluindo pela primeira vez, um isolado do Uruguai,
clado II: isolados tailandeses, japonês e indiano e clado III: isolado tailândes). Os resultados que contemplam o
objetivo (ii) corresponde a análise multilocus de 55 oomicetos pelos métodos de Máxima Verossimilhança e
Análise Bayesiana. P. insidiosum formou um clado principal monofilético e politômico de isolados americanos;
no entanto, Pythium spp. foi parafilético com Phytopythium sp. e Phytophthora spp. Albugo candida foi
posicionado como um ramo inicial de peronosporaleans, que foi subdividido em três clados, um dos quais
evidenciaram a estreita relação de P. insidiosum, P. aphanidermatum e P. arrhenomanes. Os peronosporaleans
divergiram há 136 milhões de anos e P. insidiosum diversificou-se há aproximadamente 24 milhões de anos
atrás, com a divergência de isolados americanos e tailandeses, em aproximadamente 17 milhões de anos atrás e
diversificação americana posterior ocorrendo há 2,4 milhões de anos atrás. A reconstrução de caráter de estado
ancestral sugere que os ancestrais de peronosporaleans apresentavam propriedades fitopatogênicas, com os
ancestrais de Pythium + Phytopythium + Phythophthora apresentando propriedades necrotróficas. Conclui-se
nesta tese a aplicabilidade da multiplex-PCR para identificação e genotipagem dos isolados sul-americanos de P.
insidiosum, a qual evidenciou características genéticas semelhantes entre esses isolados. Adicionalmente, a
análise multilocus permitiu verificar relações filogenéticas e importantes aspectos evolutivos de oomicetos,
enfatizando P. insidiosum. | por |
dc.contributor.advisor1 | Botton, Sônia de Avila | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0814772095155945 | por |
dc.contributor.referee1 | Pereira, Daniela Isabel Brayer | |
dc.contributor.referee1Lattes | XXXXXXXXXXXXXXX | por |
dc.contributor.referee2 | Santurio, Janio Morais | |
dc.contributor.referee2Lattes | XXXXXXXXXXXXXXXXXX | por |
dc.contributor.referee3 | Loreto, Érico da Silva | |
dc.contributor.referee3Lattes | XXXXXXXXXXXXXXX | por |
dc.contributor.referee4 | Denardi, Laura Bedin | |
dc.contributor.referee4Lattes | XXXXXXXXXXXXXXXXXX | por |
dc.creator.Lattes | XXXXXXXXXXXXXXXX | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.department | Medicina Veterinária | por |
dc.publisher.initials | UFSM | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Medicina Veterinária | por |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA | por |
dc.publisher.unidade | Centro de Ciências Rurais | por |